Да admin.site также имеет метод unregister(), вам нужно передать ему класс модели администратора, которого вы хотите отменить!
from django_evolution.models import Version, Evolution
admin.site.unregister(Version)
admin.site.unregister(Evolution)
Поместите его в любой модуль, который загружается при запуске после приложения эволюции, например, в admin.py приложения, входящего в INSTALLED_APPS ПОСЛЕ эволюции!