Переменные среды наследуются через выполнение процесса, они не являются глобальными. Таким образом, когда вы редактируете RC-файл вашей оболочки, чтобы добавить переменную, он действует только для оболочек, выполненных ПОСЛЕ этой модификации, и для программ, выполняемых из этих оболочек. Если вы запустили Eclipse из KDE / Gnome, а KDE / Gnome был запущен до того, как вы внесли это изменение, то в KDE / Gnome никогда не было определения, и, следовательно, в Eclipse также не было.
Я рекомендую выйти и снова войти. Также, в зависимости от настроек оболочки по умолчанию, вы можете обнаружить, что KDE / Gnome запускается через bash или что-то еще, что означает, что вам нужно изменить .bashrc вместо .cshrc .