Если это для интрасети (какое-то приложение для вашего внутреннего использования), тогда рассмотрите возможность использования SQL 2008 Express edition. Это бесплатно, и вы можете использовать его как экземпляр, работающий в полной версии 2000 года. Таким образом, вы получите некоторые дополнительные функции из полной версии.
Но вы должны знать, что приложения, работающие на SQL 2000, могут не работать в 2008 году, и они даже более вероятно не будут работать на 2008 R2.