Я думаю, что лучшее место для правил переписывания - это файл .htaccess.Функции, предоставляемые WP, просто создают это для вас.
См. http://articles.sitepoint.com/article/guide-url-rewriting, чтобы узнать больше о перезаписи URL.
Хотя абстракция хороша (как в функциях перезаписи WP),Я думаю, что лучше написать свои собственные правила перезаписи в .htaccess, чтобы уменьшить проблемы при переходе с одной системы на другую.Гораздо проще изменить один файл, чем найти функцию, вызывающую проблемы, и изменить код.