В вашем основном Xaml, используйте ItemsControl balise и для Xaml composant, вы должны определить свой проект с UserControl вместо Window
<ItemsControl x:Name="Plugins" x:FieldModifier="private" Height="auto">
В вашем коде вам просто нужно написать это:
Plugins.Items.Add(UserControl);
Может быть, вы можете узнать что-нибудь о MEF для загрузки всех ваших Xaml