Есть ли способ настроить eclipse для запуска программы с определенными аргументами командной строки для отладки.
Вам необходимо настроить аргументы командной строки для Eclipse: в разделе Run settings> Arguments
Read здесь
Также рассмотрите возможность использования Ant в качестве сценария сборки.Лучше работает в долгосрочной перспективе.