У меня часто такая же проблема.Мое решение - работать с сменными наборами .Если вы работаете с Mylyn, каждое изменение будет добавлено к активной задаче.Если вы не используете Mylyn, вы можете создавать наборы изменений вручную в представлении синхронизации.Измените представление, чтобы показать SVN Изменить наборы .В этом представлении вы можете каждое изменение добавить в набор изменений.Когда вы делаете коммит только с наборов изменений, вы получаете полный контроль над тем, что вы делаете.
![alt text](https://i.stack.imgur.com/UddEe.png)
Это только мое решение для той же проблемы.