Я обычно создаю класс Registry в своем веб-проекте, где я связываю все вместе с StructureMap. Смотрите это: http://structuremap.github.com/structuremap/RegistryDSL.htm
Если у вас есть проекты в вашем решении, которые имеют большую собственную конфигурацию, то вы можете захотеть предоставить этим проектам собственный реестр, но на самом деле не регистрируйте его, пока application_start в global.asax.
Часть IoC ждет, чтобы связать все вместе, пока вам это не нужно. Таким образом, это более настраиваемый. Так что, если вы сможете сохранить реестр на своем веб-сайте, у вас будет больше гибкости.