из HTA, вы можете использовать объект оболочки для запуска команд так же, как если бы вы работали из командной строки - включая FTP - но, конечно, вам понадобятся учетные данные FTP. так как вы сказали, что сможете жестко закодировать файлы для загрузки, я предполагаю, что у вас есть полный доступ ...
var shell = new ActiveXObject('wscript.shell');
var params = // this should be a string of ftp commands, like OPEN ftp.example.com USER PASS CWD somedir PUT c:\whatever.txt BYE
shell.run("%comspec% /c ftp.exe -i -s:" + params, 1, true);