Единственные серьезные проблемы 2.0-> 3.5, с которыми я столкнулся, были в Web.Config и сосредоточены вокруг ссылок на System.Web.Extensions 2.0. Если вы используете интерфейс Visual Studio для изменения версии вашего проекта .NET, VS автоматически исправит большинство ссылочных несовместимостей в вашем файле Web.config.
Что касается различий в коде, вы, скорее всего, обнаружите, что некоторые методы устарели в более новых версиях, но я никогда не сталкивался с таким явным нарушением.
Microsoft придерживается очень строгого стандарта обратной совместимости, чтобы они могли максимально снизить влияние крупных обновлений.