В Eclipse перейдите в «Настройки» и нажмите на элемент основного дерева Java. Будет написано «Общие настройки для разработки Java»
Внизу будет раздел под названием Java-диалоги. Нажмите кнопку очистки, и вы снова увидите этот диалог. Единственная проблема заключается в том, что все диалоговые окна в JDT, которые вы нажали «Больше не спрашивать», появятся снова, но это решит вашу проблему.