Обычно вам не нужно подписывать какие-либо библиотеки DLL, если только вы не хотите, чтобы они взаимодействовали с каким-либо приложением, для которого требуется их подпись, или для безопасной установки их на другом компьютере.Подписание их не должно повредить.
Я бы сомневался, что это 64-разрядная проблема, скорее всего, скорее .NET 4 и проблема повышенной безопасности, исходящая от Microsoft, или проблема конфигурации.