Если вы действительно амбициозны, и у вас действительно есть проблема с людьми, которые «вмешиваются» в ваши exe-файлы, вы, возможно, можете зашифровать свои exe-файлы, поиграть с PE (переносимым исполняемым файлом) и загрузчиком, или другим способом.
Я сомневаюсь, что это того стоит. EXE-файлы распространялись многими компаниями-разработчиками программного обеспечения на протяжении многих лет. Ваша заявка, вероятно, не настолько особенная, чтобы оправдать что-либо необычное.
Установите эти флаги и сконцентрируйтесь на более важных вопросах.