Перейдите в каталог .xcodeproj и откройте project.pbxproj в текстовом редакторе.Скорее всего, вы не найдете один из параметров подписи не то, что вы ожидаете.Я видел настройки отображения XCode в графическом интерфейсе, которые не согласуются с тем, что находится в файле .pbxproj.
Конечно, убедитесь, что вы можете восстановить старый файл project.pbxproj на всякий случайВы вносите изменения, которые его нарушают.