Да, вы правы, этот экземпляр будет постоянно присутствовать в качестве корня визуального дерева. Отдельные экземпляры PhoneApplicationPage будут заданы как Содержимое этого фрейма средой навигации.
Пример сценария. Предположим, что вы хотите использовать заголовок, который не нужно менять для отдельных страниц, тогда вы можете подумать о том, чтобы поместить его в контрольную таблицу PhoneApplicationFrame, чтобы заголовок создавался только один раз и был доступен / видим для всех страниц.