Я бы структурировал вашу систему так, чтобы исходные файлы не заботились о том, кем они являются. Вы можете проверять их как в git, так и вне его, не беспокоясь о том, какие у них есть разрешения или кто является владельцем (тем более, что «владелец» не имеет смысла во всех системах, которые, вероятно, будет выполнять развертывание git).
Если вы хотите сгенерировать встроенное изображение, скопируйте все в новый каталог и , затем установите необходимые вам разрешения.