Приложение, написанное на Flex / Flash, не зависит от сервера ... и должно быть легко заменить язык на стороне сервера другим. Клиентское приложение будет использовать некоторые веб-службы, предоставляемые сервером (REST / SOAP), или оно может использовать в качестве альтернативного удаленного вызова метода. Последний реализован для самых важных языков, насколько я знаю.
Существуют некоторые исключения. Если вы хотите использовать обмен сообщениями, профессиональные решения предлагаются в основном из фреймворков, построенных на основе Java.
Так что, если вы не полагаетесь на обмен сообщениями, значительные инвестиции будут в основном на стороне клиента, особенно если вы раньше не работали с так называемыми "толстыми" клиентами. Но не на стороне интеграции ... это не так сложно.
Что касается полезных ресурсов Flex, я предлагаю взглянуть на http://www.adobe.com/devnet/flex.html