Я настоятельно рекомендую вам перейти на http://www.adobe.com/devnet/f4v.html и загрузить спецификацию FLV / F4V, бесплатно предоставляемую Adobe.
Используя методы, которые я описал в своем ответе, на который вы ссылались, вы сможете достичь своей цели.
Однако будьте осторожны при попытке объединить файлы с разными кодеками, так как полученный файл имеет хорошие шансы запутать флэш-плеер или даже вообще не воспроизводить его за точкой соединения.
В противном случае, я не совсем понимаю вашу цель.
Если вы планируете поместить звуковую дорожку файла в другой файл, я бы очень не рекомендовал вам делать это на PHP, а вместо этого использовать видео инструменты, такие как ffmpeg.
Если вы застряли с PHP, вам, вероятно, следует читать оба файла одновременно, синхронизируя по меткам времени каждого тега, читая видео первого файла и аудио второго файла, комбинируя теги по временному порядку в третий новый файл.