Чтобы ответить на ваш первый вопрос, вы можете указать его на свой файл, присвоив ему уникальное имя и добавив следующее системное свойство при запуске приложения.
-Dlog4j.configuration=path_to_my_properties_file
Я не думаю, что можно использовать 2 разных файла, не делая ничего программно.