Я использовал инструментарий визуализации Processing для визуализации сетей размером около 30 тыс. Узлов. У него не возникнет проблем при рендеринге ваших узлов, но вам нужно будет удалить некоторые из ваших ребер, возможно, удалить те, которые имеют наименьший вес (если он взвешен), или, как это предлагается в другом месте, построить гиперграф.
В настоящее время нет сетевой библиотеки для обработки, поэтому нет доступа к алгоритмам компоновки и т. Д., Вам придется реализовать это самостоятельно, но это довольно быстро сделать. Я подумывал о публикации библиотеки, чтобы помочь такой визуализации.
http://www.processing.org