Дэвид, ошибка в том, что в наборе входных папок, которые вы указали в своем проекте NDepend, NDepend обнаружил несколько различных случаев файла {MyAssembly.dll}. То есть, например, у вас есть файл {MyAssembly v1.0.1} и файл {MyAssembly v1.0.2}.
По-видимому, это то, о чем вы не знали, поэтому NDepend проделал хорошую работу по выявлению недостатка.
На панели Свойство проекта> Код для анализа наведите курсор мыши на сборку {MyAssembly}. В появившейся всплывающей подсказке вы увидите несколько путей к различным вхождениям разных файлов {MyAssembly.dll}.