У меня была похожая проблема.Проекты Maven имеют другую структуру, чем «Динамические веб-проекты».Eclipse знает только, как развертывать динамические веб-проекты (структура проекта, используемая платформой Web Tools).
Чтобы решить эту проблему и сообщить Eclipse, как развертывать проекты в стиле «maven», вам необходимоустановите плагин M2E Eclipse WTP (я полагаю, вы уже используете плагин m2e).
Для установки: Preferences-> Maven-> Discovery-> Open Catalog и выберите плагин WTP.
После переустановки вы сможете "запускать на сервере" те проекты, которые являются веб-проектами maven.
Надеюсь, это поможет,