Вы просто открываете окна программно, а не позволяете этому происходить автоматически. Поэтому в конструкторе интерфейсов снимите флажок «Видимо при запуске» для каждого окна. Затем в вашем коде используйте [myWindow makeKeyAndOrderFront: self], чтобы показать окно.