Это не вопрос преимущества или недостатка. Консоль Cake - это инструмент. Используете ли вы этот инструмент или нет, полностью зависит от вас. Лично я редко использую его, а потом просто строю (выпекаю) большие модели данных.
Я уверен, что есть вещи, о которых он не знает, но почти все, что вы хотите сделать, вы можете сделать без него.
Выбор за вами.