как насчет
HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Classes
и
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Classes
То, что вы видите в HKEY_CLASSES_ROOT, на самом деле является объединением этих двух ключей (и это зависит от ваших разрешений, в которых из этих двух ветвей будут создаваться новые записи, сделанные в HKEY_CLASSES_ROOT).