Ваш синтаксис неправильный:
SELECT ...
FROM MyTable
WHERE MyID IN (SELECT MyID
FROM MyTempTable)
Мне не очень нравится оператор IN, поэтому я предпочитаю:
SELECT ...
FROM MyTable
WHERE EXISTS (SELECT *
FROM MyTempTable
WHERE MyTable.MyID = MyID)
Но это в значительной степени вопрос вкуса.