Просто используйте отдельные запросы.
Для выбора:
$query1 = $this->db->get('table1');
$query2 = $this->db->get('table2');
Для вставки
$data1 = array(
'title1' => 'My title1' ,
'name1' => 'My Name1'
);
$this->db->insert('table1', $data);
$data1 = array(
'title2' => 'My title2' ,
'name2' => 'My Name2'
);
$this->db->insert('table2', $data);