Точно так же код здесь для всех, кто найдет этот вопрос: (по ссылке @ Shaharyar)
protected void Page_PreInit(object sender, EventArgs e)
{
if () { //check for anything you like..
this.Page.MasterPageFile = "~/General.master";
}
else {
this.Page.MasterPageFile = "~/myMaster.master";
}
}