Я предложу очевидное: убедитесь, что Profiler настроен на отображение информации о транзакции.
В диалоговом окне «Свойства трассировки» -> вкладка «Выбор событий» есть раскрытие «Транзакции». Откройте его и установите соответствующие флажки (или просто отметьте их все).
Кроме того, к вашему сведению: я проверил наше приложение, которое использует NHibernate, и да, я вижу вызовы BEGIN TRANSACTION и COMMIT TRANSACTION при трассировке в Profiler.