Краткий ответ: Да, они будут перехвачены.
Когда вы делаете компонент, все вызовы будут перехвачены.
Когда вы используете @In или Component.getInstance, вы получаете прокси для объекта, а не сам объект, именно в прокси происходит магия перехвата.
Если вы действительно беспокоитесь о производительности, лучше всего пометить подкласс @BypassInterceptors и использовать Component.getInstance (...)