С точки зрения бэкэнда, они оба работают на CLR и способны работать. На самом деле все сводится к тому, что вам наиболее удобно. Если вы не уверены, поэкспериментируйте с обоими.
Используйте то, что кажется наиболее продуктивным.
Редактировать
Как мне только что сказали, похоже, что поддержка шаблонов WPF (и, возможно, даже intellisense) просто отсутствует для C ++. Так что в этом случае, я думаю, я бы порекомендовал C #.