Вот ответ: содержимое пути управления версиями хранится на агенте сборки в этой папке:
C:\Documents and Settings\<user>\Local Settings\Temp\BuildAgent\<num>\
, где - это учетная запись, которая запускает службу сборки, а - номер вашего агента сборки.
Понятия не имею, почему его сначала не было и что заставило агент сборки наконец получить его из системы контроля версий. Может быть, требуется немного терпения, если путь управления версиями изменяется или его содержимое обновляется?