Я бы просто имел переменную (вне функции)
var scrolling = 0;
Когда придет время вызвать функцию ajax, проверьте, равна ли прокрутка 0, и в противном случае ничего не делайте; если он равен, установите его равным 1, вызовите функцию ajax и установите ее обратно в 0 в обратном вызове последнего.
Вроде как эквивалент «блокировки» в вытесняющих многопоточных системах, за исключением того, что вам не нужна блокировка (хорошо, потому что в javascript их нет ;-), потому что ваш поток управления только прерывается при вызове функции ajax, а не в произвольных местах кода, как в вытесняющей многопоточности.