Сценарий clean удаляет скомпилированные классы и файлы свойств, а также другие не исходные ресурсы, которые были скопированы в dir классов, а также другие вещи, такие как отчеты об испытаниях.
Проблема, с которой вы сталкиваетесь, связана с добавочной компиляцией. В целом он достаточно надежный, но может не работать с Java, и, к сожалению, более вероятен с Groovy, поскольку это динамический язык. Трудно определить полный объем изменений в одном классе во всех других классах, и иногда изменения пропускаются. Если вам повезет, очевидно, что что-то не так, но иногда может потребоваться некоторое время, чтобы подумать, почему происходит какое-то странное поведение.
Так что лучше всего всегда делать полную компиляцию, будь то чистая Java или смесь Groovy и Java. Поскольку это дорого (особенно для крупных проектов), достаточно использовать как можно больше инкрементной компиляции, но иногда принудительно вызывать полную компиляцию с grails clean
.