Bundler запускается из корневого каталога вашего приложения, поэтому он обеспечивает наличие всех необходимых гемов для работы вашего приложения. Если по какой-то причине вам больше не нужен гем, вам придется запустить
gem uninstall gem_name
как вы указали выше. Так что каждый раз, когда вы запускаете bundler, он перепроверяет зависимости
EDIT - 24.12.2014
Я вижу, что люди продолжают приходить к этому вопросу, я решил добавить немногочто-то.Ответ, который я дал, был для случая, когда вы поддерживаете свои драгоценные камни глобально.Подумайте об использовании менеджера драгоценных камней, такого как rbenv или rvm, для хранения наборов драгоценных камней в определенных проектах.
Это означает, что никакие драгоценные камни не будут установлены на глобальном уровне и, следовательно, при удалении одного из Gemfile вашего проекта и повторном запускеbundle, то он, очевидно, не будет загружен в ваш проект.Затем вы можете запустить bundle clean (с каталогом проекта), и он удалит из системы все те драгоценные камни, которые когда-то были установлены из вашего Gemfile (в том же каталоге), но в данный момент там больше нет в списке ....Короче говоря - он удаляет неиспользованные драгоценные камни.