Из того, что я знаю, вы можете добавить модуль слияния (msm) в проект установки VS, а не файлы MSI напрямую. Вы можете проверить с MSI провайдером, если файл MSM также доступен или нет. В случае, если файлы msm недоступны, одним из обходных путей является включение файлов msi в установочный пакет и запуск их с помощью настраиваемых действий. Очевидная проблема заключается в том, что если дочерний msi завершится неудачно, вы не сможете откатить все целиком.