Могу ли я использовать несколько менеджеров сущностей в одной транзакции?
Да, используя JTA. Я не уверен, что вам нужна глобальная транзакция в вашем случае. Вы действительно перемещаете или копируете объекты из одной БД в другую? В последнем случае вы можете использовать две транзакции последовательно.
Могу ли я прочитать сущность из одной базы данных и сохранить ее в другой?
Предполагая, что они имеют одинаковую структуру и у вас нет конфликтующих PK, должна быть возможность прочитать сущность, используя первый диспетчер сущностей, отсоединить ее и затем объединить, используя другой диспетчер сущностей. Если у вас есть возможные конфликты PK, вам придется использовать подход DIY (вместо простого слияния).