Конечно, это возможно, я сомневаюсь, что есть много людей с таким опытом, поэтому мы можем только догадываться.
Лично я никогда не создавал бы столько баз данных на SQL-сервере и столько источников данных в CF. ИМХО использование схем БД было бы намного лучшим решением, проще в обслуживании, администрировании и так далее.
Как обстоят дела с памятью? Может случиться так, что огромное количество JDBC-соединений душит сервер. Сначала я бы проверил потребление памяти, статистику SQL, чтобы увидеть сквозной вывод данных, а, возможно, позже, даже параметры производительности SQL-серверов, параметры CF, чтобы увидеть возможные подключения JDBC, параметры сети и так далее.
Опять же, просто гадать и пытаться дать вам подсказку, где искать.