Нет, вы не можете автоматизировать приложение, если оно не установлено на компьютере.
Редактировать: Тем не менее, существует проект с открытым исходным кодом для манипулирования файлами проекта, и я не думаю, что для этого нужно установить MS Project, поэтому стоит посмотреть на это здесь: MPXJ