Вы можете включать файлы из любого места на сервере (конечно, в зависимости от прав доступа к файлам и ограничений безопасности).
Использование каталога include помогает поддерживать порядок, но не является обязательным.
Если файл содержит код PHP, он должен быть сохранен как файл .php - в противном случае, если он вызывается напрямую, код не запустится. Это оставляет вам файл, который ведет себя по-разному в зависимости от того, как к нему обращаются, что, вероятно, не то, что вы хотели, и может представлять угрозу безопасности.
Чтобы обойти это, я видел, как некоторые люди переопределяли типы файлов, поэтому сервер рассматривает все файлы .html как сценарии PHP - я не рекомендую этого, поскольку это замедлит обработку всех файлов, даже если они не содержат PHP. Следуйте принципу наименьшего сюрприза - пусть ваши HTML-файлы будут .html, а ваши PHP-файлы - .php - и все будут счастливы.