Относительный путь должен работать нормально (предупреждение: apache на windows, как я знаю, не следует по ссылкам sim или тому, что вызывается на этой ОС).
Возможно, вам следует использовать синтаксис (во избежание проблем с разными версиями php)
ini_set('include_path', 'yourdir');
и проверьте возвращаемое значение, чтобы убедиться, что все в порядке.
Обращаясь к лучшим практикам:
Для меня установка директивы конфигурации в сценарии, особенно если это касается всего проекта, является неправильной или, по крайней мере, опасной.
Лучше всего поместить директиву в файл .htaccess в каталоге, в котором находится ваш php файл проект.
Еще лучше, это быстрее, поместите директивы в соответствующий раздел virtualhost вашей конфигурации apache. Однако для разработки .htaccess более гибок и поэтому предпочтителен.
Это должно быть примерно так:
php_value include_path ".: ../ ..: <коллекция ваших путей>"
Это позволяет вам делиться конфигурацией php без необходимости с директивой ini_set в каждом файле php, который вы пишете.
Не говоря уже о том, что если у вас есть специальный файл, для которого требуется специальный include_path, вы можете установить его в этом файле, и это будет видно всем очень быстро.