На самом деле, я думаю, что запрос 2 более читабелен. Подумайте, когда вы скажете 5,6 или 7 таблиц, когда вы нажмете предложение where в первом запросе. После присоединения может быть грязно.
Что касается производительности, я понятия не имею. Бьюсь об заклад, если вы зайдете на сайт MySQL, там будет информация - возможно, примеры объединений.
Профессионально, я работал только над одним проектом. Но это был большой вопрос, и они всегда следовали формату запроса 2. Это было с использованием Microsoft SQL Server, хотя.