Поскольку элементы являются объектами, это легко:
foreach($form->getElements() as $element) {
$element->id = 'new';
}
$ form - это, очевидно, ваш объект формы из вашего класса. То есть:
$form = new My_Form_Class;
Как я уже сказал, это объект, поэтому свойства могут быть легко изменены. var_dump элемент, чтобы увидеть, что вы можете изменить, если вы не уверены