Нет простого способа заставить его генерировать отдельные файлы.MS выбрала более простой маршрут при создании этого генератора.
Вы всегда можете написать небольшое приложение, чтобы разделить его на отдельные файлы классов.Логика не сложная.Если вам приходится часто выполнять разделение или для большой команды, было бы оправданно потратить полдня на его создание.
(Могу даже сделать это самостоятельно, так как у меня такая же проблема. Если я это сделаюсделайте один, я опубликую это на своем веб-сайте для всех, чтобы использовать)