Если есть столбец первичного ключа, вы должны исключить его из вставки, если там есть дубликаты.
Одним из решений является вставка с выбором, удаляющим дублирующиеся значения.
INSERT IGNORE INTO table_1 (f1, f2, f3)
SELECT f1, f2, f2 FROM table_2 WHERE table_2.index NOT IN (SELECT index FROM table_1)
OBS, это не очень эффективно на медленном сервере баз данных и может быть написано лучше с большим количеством информации о таблицах.