Из описания задачи n они упоминают ...
Вложенный элемент metainf определяет FileSet. Все файлы, включенные в этот набор файлов, окажутся в каталоге META-INF файла ear. Если этот набор файлов содержит файл с именем MANIFEST.MF, файл игнорируется, и вы получите предупреждение.
Пример:
<ear destfile="${build.dir}/myapp.ear" appxml="${src.dir}/metadata/application.xml">
<metainf dir="${xml.dir}" includes="*.xsd,*.xml"/>
</ear>