Лучший способ справиться с зависимостями - это менеджер пакетов, например:
On Ubuntu: apt-get
On Red Hat / Fedora: yum
On Mac OS X: port
On Windows: cygwin
Если вы устанавливаете программное обеспечение с помощью менеджера пакетов, оно автоматически извлекает, загружает и устанавливает любые зависимости, если это необходимо. Эти менеджеры пакетов поддерживают огромное количество популярных проектов с открытым исходным кодом, но поддерживаются не все проекты. Некоторые из этих менеджеров пакетов поддерживают создание пользовательских репозиториев пакетов, что также позволяет использовать их для внутреннего управления зависимостями.
К сожалению, нет общего способа получить все библиотечные зависимости файла Makefile (за исключением grepping для "lib", ".so" и "-l", которые могут дать вам ложные результаты); однако, если вы устанавливаете проект с открытым исходным кодом, есть вероятность, что он поддерживается менеджером пакетов в вашей системе.