Вы можете использовать функцию parseInt () для преобразования строки в число, например:
parseInt($('#elem').css('top'));
Обновление: (согласно предложению Бена): Вы должны также указать основание:
parseInt($('#elem').css('top'), 10);
Принудительно обрабатывает его как десятичное число, иначе строки, начинающиеся с '0', могут быть проанализированы как восьмеричное число (может зависеть от используемого браузера).