Ну, оказывается, это была глупая проблема с кэшированием ...
Очевидно, что Xcode 3 создает профиль пользователя в каталоге проекта - конечно, эти файлы скрыты, и я даже не думал о том, чтобы посмотреть на них.
Когда единственное, что я не смог найти в файле проекта, было решение, я заметил, что эти два файла находятся в каталоге проекта. Я закрыл проект, удалил файлы и снова открыл проект. Xcode 3 снова пометил проект как приложение OS X!
Краткое изложение выше: Удалите профиль пользователя, и он снова будет работать.