Поведение, которое вы описываете, похоже на поведение, которое вы получите при каскадном delete-orphan
(или любом другом эквивалентном использовании аннотаций). Если вы и не хотите такого поведения, не каскадируйте его. Если нет, опубликуйте классы, сопоставления и сценарий, позволяющий воспроизвести.